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世界中联下设秘书处，为世界中联的日常工作机构。秘书处设有综合办公室(国际贡献奖办公室)、信息中心、学术部、财务部、科技管理部、国际标准部、资格考试部、国际培训部、国际医疗与人才交流合作部、国际联络部、临床循证研究指导中心、《世界中医药》杂志、国际合作部等工作部门。
为了发展学术，辐射、带动国际中医药界的学科建设，专业委员会的设立是世界中联的重点工作之一，已有74个专业委员会成立。
为了便于决策与协调，世界中联还设立了标准化建设委员会、考试与测评委员会、道德委员会、教育指导委员会、临床工作委员会、科技发展委员会等咨询协调机构。主要负责各个业务领域的工作研究、咨询与协调。
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